根据《华盛顿邮报》看到的文件副本，美国国务院曾于星期四（5日）发布一项指令，要求领事官员为受影响的申请人保留签证预约，并评估申请人是否具备入境美国的资格。不过指令表示，寻求在哈佛大学“开始学习课程或参加哈佛交流访问学者项目”的申请人，应该被拒绝。

特朗普政府试图阻止哈佛大学招收国际学生。美国国土安全部于5月22日宣布，取消哈佛大学获得的学生和交流学者项目资质，禁止它招收国际学生。

另一方面，考虑到审查力度加强，有专家认为，即使哈佛大学继续在法庭上胜诉，赴哈佛大学就读的学生签证拒签率也会大幅上升。

特朗普星期三（4日）发布公告，禁止有意赴哈佛大学学习的学生进入美国。法院当地时间星期四晚上批准哈佛大学的动议，临时限制特朗普的禁令公告生效。不过，国务院当晚先法院一步，向领馆部门发出拒签指令。

美国国务院拒绝就星期四指示拒签的指令发表评论，也拒绝透露是否有计划根据法院的命令，撤销拒签指令。

星期四的指令还说，美国国务院不会向受影响的申请人退还签证申请费，“因为申请人仍被允许参加（签证）面谈”。

报道称，国务院星期五晚上发布的新指令表明，大使馆和领事馆应继续对所有申请哈佛大学签证的申请人，进行额外审查，包括审查申请人的社交媒体账户。

据美国媒体报道，美国国务院通知全球使领事馆，恢复处理赴哈佛大学就读的学生签证申请，推翻此前发出的拒绝此类申请的指示。

《华盛顿邮报》星期六（6月7日）报道，美国国务院星期五（6日）发布新指令，要求美国驻全球领事机构恢复处理哈佛大学学生和交流访问学者的签证。在此之前，美国法官刚刚阻止特朗普政府限制国际学生赴哈佛就读的举措。

专家指出，即使美国国务院正式撤销拒签指令，它在决定谁能获得签证的问题上仍拥有巨大权力，领事官员可以以任何理由拒绝下签，且无须告知拒签原因。此外，申请人的签证也可能被置于“行政处理”状态，在此期间，申请人无法得知申请处理进度。