在自动化药物研发、材料设计等领域,逆合成规划(retrosynthesis planning)是一个关键步骤。过去,这一任务依赖于专家经验或基于规则的系统,复杂且不易扩展。而最近,论文《LLMRSP: Large Language Model for Retrosynthesis Planning》提出了一种全新的框架,结合多模态输入和大语言模型(LLM),从分子图像直接生成化学合成路径,开启了自动化合成规划的新纪元。
本文将带你了解该论文的核心内容、创新点与关键技术、实际应用场景,并提供一个最小可运行的 Demo,帮你快速上手体验。
🔬 论文内容概览
LLMRSP 是一个结合图像识别与语言模型的系统,其目标是从目标分子的图像开始,自动生成详细的化学合成路径。系统分为三个主要模块:
- 分子图像处理模块:使用 GPT-4V 等多模态模型读取分子图像,将图像转换为 SMILES 表达式或语言提示(prompt)。反应路径生成模块:利用 GPT-4 等 LLM 基于 prompt 生成可能的前体化合物和反应步骤。路径筛选与排序模块:使用 RetroSim 或其他打分模型评估 LLM 提出的候选路径,筛选出最优方案。
整个流程实现了从视觉输入到合成路径自然语言输出的端到端处理。
🔑 关键创新与技术亮点
✨ 1. 多模态输入:分子图像到文本提示
论文创新性地使用 GPT-4V 读取分子结构图像,实现从图像到语义化提示的转换,使系统更贴近真实科研流程。
🎓 2. LLM 生成合成路径
利用 GPT-4 直接生成反应路径,而不是依赖模板匹配或图搜索。这种生成式方法能更好地泛化至未见结构,提高创造性与适应性。
⚖️ 3. 模块化架构
LLMRSP 设计为模块化框架,每部分(图像识别、路径生成、路径筛选)都可以替换和升级,方便集成进科研工作流。
✈️ 4. LLM 与传统模型协同优化
LLM 提供创造性路径候选,RetroSim 等传统模型辅助打分筛选,有效结合创新性与可解释性。
🚀 实际应用场景
🌿 药物研发
设计新药后可立即生成合成路径,节省查文献时间,加速实验设计。
💪 高通量自动化实验室
与合成机器人对接,实现从分子设计到自动合成的闭环流程。
🧰 化学教育
用于教学中辅助学生理解逆合成逻辑,甚至可以做“AI 出题 + 人类解答”互动。
🔒 专利规避与分析
分析专利分子是否可合成,或是否存在绕开路径,用于药企专利分析与反制策略。
🚄 最小可运行 Demo
以下是基于公开工具构建的 LLMRSP 最简版,实现“分子图像 → SMILES → Prompt → GPT 生成合成路径”:
☑️ 所需工具
- Img2Mol:分子图像 → SMILESOpenAI GPT-4(或 Claude、Mistral)Python 脚本
📝 示例代码(Python)
from img2mol.inference import predict_smilesfrom PIL import Imageimport openai# Step 1: 图像转 SMILESimg = Image.open("aspirin.png")smiles = predict_smiles(img)# Step 2: 构建 Promptprompt = f"""Given the following molecule represented by its SMILES: {smiles}Please propose a retrosynthesis plan in natural language.List the key disconnections and potential precursor molecules.Explain your reasoning."""# Step 3: 调用 GPT-4response = openai.ChatCompletion.create( model="gpt-4", messages=[{"role": "user", "content": prompt}])print(response["choices"][0]["message"]["content"])
🔀 示例输出
Target Molecule: Aspirin (SMILES: CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O)Step 1: Disconnect at the ester bond...Step 2: Yield salicylic acid and acetic anhydride...Step 3: Salicylic acid from phenol via Kolbe-Schmitt reaction...
🔖 小结
LLMRSP 提供了一种极具前景的思路:将多模态模型与大语言模型结合,打通了从“分子图像”到“可执行合成路径”的通路。这不仅提升了合成规划的自动化程度,也为 AI 在科学研究中的应用提供了新的范式。
未来,随着更多开源组件与实验数据的开放,类似系统有望被广泛集成到化学、制药、材料等领域,成为研究人员的强大助手。