明朝后期放弃新疆主要有以下原因：

- 陆上丝路荒废，新疆地位降低：海上丝绸之路的繁荣，为明朝提供了更便捷的对外沟通渠道，陆上丝绸之路逐渐被遗忘。新疆作为陆上丝绸之路的重要路段，战略重要性随之下降，明朝失去了占据新疆以保障丝路畅通的动力。

- 西域出现大国，管理成本过高：明朝时期，西域有东察合台汗国等势力，这些国家能集合几十万大军，明朝劳师远征难度大，且一旦失败，容易导致宗藩关系崩解。同时，明朝都城在南京，距离西域较远，统治成本高。此外，西域地区长期战乱，生态环境破坏严重，难以发展农业生产，明朝统治新疆在经济上入不敷出。

- 北方边患严重，无暇西顾：明朝中后期，瓦剌等蒙古势力崛起，不断侵扰北方边境，甚至发生了土木堡之变，威胁到京师安全。明朝不得不将主要精力和军事力量集中于北方边防，对西域地区则无力顾及，秉持“保京师重于拓边疆”的思维，选择放弃新疆。

- 明朝守成思想影响：明朝自永乐大帝后，多为守成之君，缺乏开拓进取精神。对于经营遥远的西域，明朝统治者兴趣不大，更倾向于维持现有疆域，采取保守的边疆政策。

关于关闭嘉峪关的时间，有不同说法。明孝宗弘治七年（1494年），明朝政府曾决定“闭嘉峪关，绝西域贡”，但此后嘉峪关仍有开关情况。嘉靖三年（1524年），明朝政府下令封闭嘉峪关，放弃了对嘉峪关以西地区的管辖。也有观点认为，1529年朝廷正式关闭嘉峪关，任哈密卫自生自灭。