不提《奉天靖难记》里把说把建文帝说成是奸淫掳掠，无恶不作，还强奸了一头老母猪的破事（朱允炆：我没有强奸老母猪啊），单就对于建文帝自焚，《奉天靖难记》里朱棣是这么说的：

允炆欲出迎，左右悉散，惟内使数人而已，乃叹曰：“何面目复相见耶？”遂阖宫自焚。上见宫中烟起，急遣中使往救，至已死矣。出其尸于火中，上叹曰：“小子无知，乃至此乎？”

到宣宗朝修《太宗实录》的时候，大概杨士士奇（杨士奇表示没有人比我更懂修《实录》了）修这帮人也觉得这话不太体统，就改成了这样：

建文君欲出迎，左右悉散，惟內侍數人而已，乃嘆曰：“我何面目相見耶？”遂闔宮自焚。上望見宮中煙起，急遣中使往救，至已不及，中使出其屍於火中，還白　上。上哭曰：“果然若是癡騃耶？吾來為扶翼爾為善，爾竟不亮而遽至此乎！”

其实与一般印象中朱棣起兵靖难后一直宣称自己是大忠臣，要清君侧帮助建文帝扫除奸臣不同，实际在朱棣起兵之后，就已经开始着手否定建文帝的合法性了。

建文元年十一月，朱棣在郑村坝击败南军后，上书于朝并移檄天下，其文字姜清《秘史》、《奉天靖难记》、《太宗实录》均载之，而姜氏所记或为当时之原件，其夸耀武功，言辞之狂悖，尤为明显，如《燕王檄文》云：

七日十六日，都督宋忠等领军马八千、步军一万二千，调山西万安、怀安宣抚前卫军马一万，前往怀来下营，期会各处军马来攻北平。予故不免亲帅精骑八千，直抵怀来与忠军交战。自辰至午，忠军大败，获马六千匹，生擒到逆贼宋忠、都指挥孙太、俞填等，尽行杀死，余众悉降。
八月，奸臣齐尚书等又矫诏使长兴侯耿炳文等领军马三十万前来雄县、真定，期会各处军马来攻北平。不免又行亲帅军马往彼迎敌，于当月十六日破雄县，斩首九千余级，获马三千匹，生擒到都督潘忠、指挥杨松。二十五日，大破真定，将逆贼长兴侯耿炳文所领军马尽行杀败，斩首五万余级，获良马二万五千余匹、生擒左副大将军驸马李坚、右副大将军宁忠、右督都顾成何，都指挥刘遂众降，咸宥归於原卫。江阴侯吴高、都督耿瓛、杨文将辽东军马来围永平，我帅骑士一万九千，倍道兼行，直抵永平，吴高等闻风夙夜逃奔。以太祖皇帝恩养厚德，都指挥房宽领军马出城来降，所有逆贼朱鉴万□凌迟处死了当。惟都督刘贞、陈亨将领军马守住松亭关不肯来降，我亲帅精锐骑士三万袭破其营，生擒都督刘贞，陈亨单骑遁去，大宁遂平。奸臣齐尚书出榜令军民骂燕贼父子，是骂祖与叔父为贼，岂非大逆不道。奸臣齐尚书等如此无理，其罪当何如哉？
未几，奸臣齐尚书、黄太卿等左班文职又行矫诏，使令曹国公李景隆领天下各都司军马五十余万，于十月初六日来攻北平，围我之城，必欲杀我。谓天下官军何不念太祖皇帝恩养厚德，留我一二亲王以奉祖宗香火，岂不幸哉！故我仰赖祖宗积德之深，于是亲帅军马，以寡敌众，将景隆所领天下军马尽行杀败，斩首一十万九千余级，余众降者咸宥归于原卫，景隆等夜遁西而去。然余之用兵，所向克捷，此皆余平日存忠孝之心，故天地祖宗神明怜而佑我也。若不如是，纵用兵如孙吴亦无能为也。

按：朱棣檄文中直称都督宋忠、长兴侯耿炳文为逆贼，则《靖难记》中斥南军为贼，或亦为当时之实录，非事后追改也。

又如《上惠帝书》中，朱棣以报父仇为名，威胁索要奸臣，不然则兵抵京城，赤地千里：

如陛下听奸臣之言，执而不发，臣请帅精兵三十五万，直抵京城索取去也。此等皆我父皇之仇人，臣必不与之共戴天。臣若不得与父皇报得此仇，是臣为子不孝也；为子不孝，此是忘大本大恩也，岂人之类。
今将合行奸臣数目开列于后：一宫中侍病老宫人，一长随内官；一太医院宫，一礼部官；一葬事官，一造孝陵驸马等官；一奸臣齐尚书、黄太卿、左班文职；一监折毁宫殿工部官内官。
如上逆党，一一如数发来臣军前，究问的实。即行差官赍押司，具本奏闻，伏取圣明裁决。如果不发奸臣齐泰等来臣，必不已也，兵抵京，赤地千里，臣冒渎天威，无任激切，恐惧之至。臣棣顿首稽首，百拜昧死谨具奏闻。

又按：此处朱棣名为索取奸臣，实以太祖之死入罪于惠帝，指其有篡弑之罪，明矣!

还有，杨永康根据孔尚任所藏《燕王靖难札付》考证，认为靖难兵初起时，朱棣尚尊奉建文年号，但在建文二年就改用干支纪年，建文三年开始去除建文年号，改用洪武三十四年纪年。所以，朱棣革除建文年号，也早在靖难战争时而不待其即位之后了。

另据《奉天靖难记》，建文三年十一月，朱棣南征前夕，北平文武诸臣以及宁王朱权，已经在劝进朱棣称帝了（当然劝进这段《太宗实录》也给删了）：

十一月乙酉朔，北平都司都指挥张信、布政司右布政郭资、按察司副使墨麟等上表曰：
臣闻天生非常之君，必赋以非常之德，必受以非常之任，所以能平祸乱定天下于一，而安生民纳之于仁寿之域也。昔者夏商之季，桀滔淫而成汤放之，纣沉湎而武王伐之，故易曰：「汤武革命，顺乎天而应乎人。」夫征伐岂汤武所得已哉？所遇之时然耳。然汤武俱不失为圣人者，以其拨乱兴治，措天下于袵席之安也。比者，幼主昏弱，狎昵小人，荒迷酒色。即位未几，悉更太祖高皇帝成宪，拆坏后宫，烧毁太祖高皇帝、孝慈高皇后圣容，丧服未逾一月，即遣阉宦四出选择美女。其所为不道，遂致奸恶擅权，扇殃逞祸，戕害宗亲，图危社稷，汨乱天下。殿下谨守藩封，小心寅畏，而幼主听谗，兴难构兵，四起围逼。殿下不得已起兵，以救须臾之祸，祇奉祖训，诛讨奸宄，清君侧之恶，保全亲亲，奠安宗社，冀其改悔，惇骨肉之义。岂期幼冲心志蛊惑，牢不可回，必欲加害于殿下然后已。殿下应之以仁义之师，不嗜杀人，堂堂之阵，正正之旗，节制明而号令肃，故百战百胜，此虽殿下神谋睿筭之所致，实以天命人心之所归也。况殿下为太祖高皇帝、孝慈高皇后嫡子，太祖高皇帝常欲建立为储贰，以承宗社之重。又况生而神明，灵应图谶，文武仁孝，德冠百王，天之所生以为社稷生灵主，正在于今日。臣闻之，圣人动惟厥时，不违天命，使汤武有其时而不为，则桀纣之暴益甚，而苍生之祸曷已？是终违乎天命也。汤武岂忍视斯民之涂炭而不解其倒悬哉？臣等伏望殿下遵太祖之心，循汤武之义，履登宸极之尊，慰悦万方之望，则社稷幸甚，天下幸甚，臣等不胜惓惓之至。
丁亥，都督顾成与五军总兵官丘福等复申前请，上不允。　
己丑，宁王上表恳请，上以书坚却之。(《奉天靖难记》卷三)

如此行事，似乎是在效仿后唐庄宗，先做河北天子，再南下灭梁之事，虽然朱棣最后没同意，但显然，此时在燕王一方，建文帝已经没有丝毫合法性可言了。