2008 年， 科学家在西伯利亚南部的丹尼索瓦洞穴中发现了一块大约 4 万年前的指骨碎片。2010 年，Svante Pääbo教授（2022 年诺贝尔生理学或医学奖得主）团队在Nature发表论文 ，从这块骨头中提取了完整的线粒体 DNA 基因组，从而揭示了一种此前未知的古人类——丹尼索瓦人。
2019 年，陈发虎院士团队等在Nature期刊发表论文，证实了在中国青藏高原东北部的甘肃夏河县白石崖溶洞中发现的下颌骨化石属于丹尼索瓦人，这是在丹尼索瓦洞穴以外首次发现丹尼索瓦人化石，也是首次通过古蛋白质分析确定丹尼索瓦人化石。
虽然基因组学研究显示，丹尼索瓦人曾在亚洲广泛分布，但迄今只在寒冷、高海拔地区（西伯利亚、青藏高原）发现了丹尼索瓦人化石。
2025 年 4 月 10 日，国际顶尖学术期刊Science发表了一篇题为：A male Denisovan mandible from Pleistocene Taiwan 的研究论文。
这项研究通过古蛋白质分析，确定了来自台湾地区的一块古人类下颌骨化石（澎湖一号）属于一名男性丹尼索瓦人，该研究从化石中中获得了 4241 个氨基酸残基，并鉴定出两个丹尼索瓦人特有的突变（AMBNM273V、COL1A2R996K）。这项研究扩展了丹尼索瓦人的地理分布范围，表明其曾广泛分布于东亚大陆及边缘地区，从西伯利亚、青藏高原到台湾，展现了其对寒冷、高海拔和湿热环境的广泛适应能力。该研究还显示，丹尼索瓦人与尼安德特人一样，拥有独特的强健的齿颌特征。
20 多年前，一个渔民在台湾西海岸 25 公里外的澎湖海峡打捞上来一块下颌骨，上面还有四颗完整的牙齿，这块化石被命名为“澎湖 1 号”，被认为是在台湾地区发现的首个古人类化石，属于现代人类的近亲，但其具体身份一直是个谜。
在这项研究总，研究团队花费了两年多时间，精心改进了从古代骨骼化石中提取古蛋白质的技术，他们用酸从“澎湖 1 号”的臼齿表面分离出蛋白质片段，并用酶从下颌骨中提取蛋白质。他们发现了其中两段蛋白质具有独特的氨基酸序列突变（AMBNM273V、COL1A2R996K），而这与 2008 年在西伯利亚丹尼索瓦洞穴中发现的丹尼索瓦人指骨的基因序列相匹配。因此，研究团队确定这块下颌骨来自一名丹尼索瓦人，通过牙釉质中的 AMELY 蛋白，确认其为男性。
这是继西伯利亚丹尼索瓦洞穴、青藏高原甘肃夏河县白石崖溶洞之后，第三个通过分子证据确认的丹尼索瓦人化石，是继青藏高原甘肃夏河县白石崖溶洞之后第二个通过古蛋白质证据确定的丹尼索瓦人化石。也是首次在东亚低纬度温暖湿润地区发现的丹尼索瓦人化石。
男性丹尼索瓦人艺术复原图
这项研究为东亚地区中-晚更新世古人类的多样性提供了直接的分子证据，支持了丹尼索瓦人、尼安德特人与现代智人存在基因交流的观点。证实了丹尼索瓦人能够适应从寒带到热带的广泛气候带，挑战了之前认为他们只分布于寒冷、高海拔地区的观点。此外，丹尼索瓦人的独特齿颌形态也为理解古人类多样性和演化提供例如关键证据。
论文链接：
1. https://www.nature.com/articles/nature08976
2. https://www.nature.com/articles/s41586-019-1139-x
3. https://www.science.org/doi/10.1126/science.ads3888
