1644年（顺治元年），清朝定都北京后，与西藏地方的联系更加频繁。翌年，固始汗派其子多尔济达赖巴图尔台吉到北京，上书顺治帝，表示对清政府的谕旨“无不奉命”。他还与五世达赖喇嘛共同遣使清朝“表贡方物”，受到清朝的赏赐。自此之后，蒙古和硕特部汗王与西藏地方宗教首领几乎年年必遣使莅京，通贡不绝，清朝也厚给回赐。为了进一步加强同中央政权的政治联系，固始汗还上书清朝，说“达赖喇嘛功德甚大，请延至京师，令其讽诵经文，以资福佑。” 同时他又积极鼓动劝说五世达赖喇嘛接受清朝的邀请。1652年（顺治九年）达赖喇嘛带领大批随从起程，当年年底到达北京，顺治帝在北京南苑以狩猎的形式，不拘礼节地迎接会见了他，“赐坐，赐宴，待以殊礼”。另外还赏给金、银、大缎、珠宝、玉器等大量礼品。五世达赖喇嘛进呈了珊瑚、琥珀、青金石念珠、氆氇、马匹、羔皮等千件贡礼。达赖喇嘛留京两个月期间，应邀两次进皇宫参加了顺治帝专门为之举行的盛大国宴，还参加了一些满族亲王、蒙古汗王举行的宴会，先后进行了一系列的佛事活动。其中为专程自大漠南北、山西五台山赶到北京的蒙古科尔沁秉图王及汉族僧侣，为御前侍卫拉玛，为成百数千人讲经传授各种法戒，撰写启请、发愿、赞颂及祭祀析愿文等等，所接受的礼金、各类礼品、法器以及社会各阶层馈赠的不可胜数。清朝在北京专门修建了黄寺，供他住宿。1653年初，在达赖喇嘛返藏途中，顺治帝派官员赶到代噶（今内蒙凉城），赐给五世达赖喇嘛金册金印，封他为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇恒喇达赖喇嘛”。自此，清中央政府正式确认了达赖喇嘛在蒙藏地区的宗教领袖地位，历辈达赖喇嘛经过中央政府的册封遂成为制度。清政府在册封五世达赖喇嘛的同时，又派大臣和五世达赖喇嘛一起去西藏，给固始汗赉送以汉、满、藏三体文字写成的金册金印，封固始汗为“遵行文义敏慧顾实汗”，承认他的统治藏族地区的汗王的地位。清朝的支持对新建立的甘丹颇章政权的巩固起了重要的作用。
